特殊教育學校主要招收各類別身心障礙學生，如智能、視覺、聽覺和肢體障礙等。由臨床心理師、職能治療師、物理治療師、語言治療師及社會工作師在學校組成專業團隊，提供學生多元化服務，處理學習及生活適應問題，增進自信與學習效能。
臨床心理師在校園主要任務為推展學校三級輔導預防計畫。一級預防著重促進身心健康；二級預防著重早期預防、介入；三級預防著重避免問題惡化與功能恢復。基於以上的三級預防概念，臨床心理師在特殊教育學校的主要工作內容如下：
- 心理衡鑑與評估
屬一、二級預防，學生入學時進行簡易心理測驗，了解認知、情緒和人際功能，確認有無學習、情緒和人際問題，以利後續介入。另外，在學期中配合個別化教育計畫(IEP)會議或觀察學生入學適應狀況，提供深入的心理衡鑑，鑑別心理問題及評估。
- 團體心理諮商與治療
屬二級預防，針對高危險群以團體模式帶領學生處理行為或心理問題，如情緒或壓力因應團體、性別平等教育團體。
- 個別心理諮商與治療：
屬三級預防，對有心理問題學生進行心理治療，協助重建功能。處遇模式含晤談、表達性治療，如沙遊、遊戲或藝術治療等模式。
- 轉介醫療資源
屬三級預防，提供醫療轉介。由醫師提供藥物介入。
- 生涯輔導與諮商
針對即將畢業學生，以就業、就學及就養三大目標輔導生涯規劃，降低不確定感及焦慮，提供心理支持。
- 家長與教師心理衛生諮詢
提供家長教養建言，宣洩教養壓力。協助教師、學生良性互動，因應學生的不適行為，擬定教育計畫。
臨床心理師在特殊教育學校主要服務對象為師生和家長，不對外服務。校外人士若需要臨床心理師提供上述服務，可透過彰化縣身心障礙者支持性就業服務取得，需要者請向彰化縣勞工處洽詢。此外，臨床心理師亦配合外展服務，提供高中職學校特殊學生需求服務，可由各校教師申請，提供短期服務。